പദ്ധതിയുടെ നടത്തിപ്പിന് മേൽനോട്ടം വഹിക്കുന്നതിനായി ഓരോ സംസ്ഥാന സർക്കാരും ഒരു നോഡൽ വകുപ്പിനെ നിയമിക്കണം. മൈക്രോ, ക്ലസ്റ്റർ തലങ്ങളിൽ ഭക്ഷ്യ സംസ്കരണ മേഖലയിൽ ഉൾപ്പെട്ടിട്ടുള്ള സംസ്ഥാനത്തെ വിവിധ വകുപ്പുകളുടെ പ്രവർത്തനക്ഷമതയും അനുഭവപരിചയവും കണക്കിലെടുത്താണ് നോഡൽ വകുപ്പിനെ തിരഞ്ഞെടുക്കുക. കൃഷി/ ഹോർട്ടികൾച്ചർ വകുപ്പ്, ഭക്ഷ്യ സംസ്കരണ വകുപ്പ്, വ്യവസായ വകുപ്പ്, MSME വകുപ്പ് അല്ലെങ്കിൽ ഗ്രാമവികസന വകുപ്പ് എന്നിവയാണ് പദ്ധതി നടത്തിപ്പിനായി തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ സാധ്യതയുള്ള നോഡൽ വകുപ്പുകൾ.

കേരളത്തിൽ, സംസ്ഥാനത്ത് PMFME സ്കീം നടപ്പിലാക്കുന്നതിനുള്ള സംസ്ഥാന നോഡൽ വകുപ്പായി തിരഞ്ഞെടുത്തിരിക്കുന്നത് വ്യവസായ വാണിജ്യ വകുപ്പ് ആണ്.